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來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2023-03-12

Real-time PCR原理:基于探針的化學(xué)法,Real-time PCR應(yīng)用一個(gè)或多個(gè)熒光標(biāo)記的寡核苷酸探針檢測(cè)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;依賴熒光能量共振傳遞(FRET)檢測(cè)特異性擴(kuò)增產(chǎn)物,單單檢測(cè)特異性擴(kuò)增產(chǎn)物,DNA及RNA定量;基因表達(dá)驗(yàn)證;等位基因鑒別;SNP分型;病原體和病毒檢測(cè);多重PCR,探針和目標(biāo)片段的特異性結(jié)合產(chǎn)生熒光信號(hào),因此減少了背景熒光和假陽(yáng)性;探針可標(biāo)記不同波長(zhǎng)的熒光基團(tuán),用于多重PCR反應(yīng)。對(duì)于不同的靶序列需要合成不同的探針,原料成本較高。PCR反應(yīng)的很大特點(diǎn)是具有較大擴(kuò)增能力與極高的靈敏性。寧波細(xì)胞數(shù)字PCR網(wǎng)站

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聚合酶鏈反應(yīng)注意事項(xiàng):在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在總RNA的提取過(guò)程中,注意避免mRNA的斷裂;為了防止非特異性擴(kuò)增,必須設(shè)陰性對(duì)照;內(nèi)參的設(shè)定主要為了用于靶RNA的定量。常用的內(nèi)參有G3PD(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)、β-Actin(β-肌動(dòng)蛋白)等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應(yīng)體系中擴(kuò)增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差;PCR不能進(jìn)入平臺(tái)期,出現(xiàn)平臺(tái)效應(yīng)與所擴(kuò)增的目的基因的長(zhǎng)度、序列、二級(jí)結(jié)構(gòu)以及目標(biāo)DNA起始的數(shù)量有關(guān)。故對(duì)于每一個(gè)目標(biāo)序列出現(xiàn)平臺(tái)效應(yīng)的循環(huán)數(shù),均應(yīng)通過(guò)單獨(dú)實(shí)驗(yàn)來(lái)確定;防止DNA的污染:采用DNA酶處理RNA;在可能的情況下,將PCR引物置于基因的不同外顯子,以消除基因和mRNA的共線性。聚合酶鏈反應(yīng)可以選擇這些突變來(lái)理解蛋白質(zhì)是如何完成其功能的,并改變或改善蛋白質(zhì)功能。蘇州分子生物學(xué)Real-time PCR哪家好嵌套式PCR在特異性擴(kuò)增長(zhǎng)DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功,但它需要更詳細(xì)的目標(biāo)序列知識(shí)。

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內(nèi)標(biāo)在傳統(tǒng)定量中的作用,由于傳統(tǒng)定量方法都是終點(diǎn)檢測(cè),即PCR到達(dá)平臺(tái)期后進(jìn)行檢測(cè),而PCR經(jīng)過(guò)對(duì)數(shù)期擴(kuò)增到達(dá)平臺(tái)期時(shí),檢測(cè)重現(xiàn)性極差。同一個(gè)模板在96孔PCR儀上做96次重復(fù)實(shí)驗(yàn),所得結(jié)果有很大差異,因此無(wú)法直接從終點(diǎn)產(chǎn)物量推算出起始模板量。加入內(nèi)標(biāo)后,可部分消除終產(chǎn)物定量所造成的不準(zhǔn)確性。但即使如此,傳統(tǒng)的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。內(nèi)標(biāo)對(duì)定量PCR的影響,若在待測(cè)樣品中加入已知起始拷貝數(shù)的內(nèi)標(biāo),則PCR反應(yīng)變?yōu)殡p重PCR,雙重PCR反應(yīng)中存在兩種模板之間的干擾和競(jìng)爭(zhēng),尤其當(dāng)兩種模板的起始拷貝數(shù)相差比較大時(shí),這種競(jìng)爭(zhēng)會(huì)表現(xiàn)得更為明顯。但由于待測(cè)樣品的起始拷貝數(shù)是未知的,所以無(wú)法加入合適數(shù)量的已知模板作為內(nèi)標(biāo)。也正是這個(gè)原因,傳統(tǒng)定量方法雖然加入內(nèi)標(biāo),但仍然只是一種半定量的方法。

Real-time PCR螢光染料摻入法:在PCR反應(yīng)體系中,加入過(guò)量SYBR螢光染料,SYBR螢光染料特異性地?fù)饺隓NA雙鏈后,發(fā)射螢光信號(hào),而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會(huì)發(fā)射任何螢光信號(hào),從而保證螢光信號(hào)的增加與PCR產(chǎn)物的增加完全同步。此方法適用于:1、靈敏度高:使用SYBR可使螢光效果增強(qiáng)到1000倍以上。2、通用性好,不需要設(shè)計(jì)探針,方法簡(jiǎn)便,省時(shí),價(jià)格低廉。3、通用型方法,在國(guó)內(nèi)外科研中普遍使用。4、高通量大規(guī)模的定量PCR檢測(cè)。5、專一性要求不高的定量PCR檢測(cè)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的引物與模板的結(jié)合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對(duì)原則的。

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Real-time PCR雙熒光標(biāo)記探針設(shè)計(jì)原則:具體的其他要求可以具體聯(lián)系設(shè)計(jì)公司,拿到合成好的引物,需要先確認(rèn)引物的性能。可以用這對(duì)引物先擴(kuò)增梯度稀釋后的標(biāo)準(zhǔn)品(標(biāo)準(zhǔn)品介紹見后續(xù)內(nèi)容)。由不同梯度標(biāo)準(zhǔn)品的加量和其對(duì)應(yīng)的Ct值,描繪出一條標(biāo)準(zhǔn)曲線。這里要注意根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線得到的參數(shù)是非常重要的。引物性能確認(rèn):1.決定系數(shù)R2大于0.98,越接近于1,結(jié)果越可靠。2.擴(kuò)增效率一般要求在0.8-1.2,越接近于1,越好。3.檢測(cè)的靈敏度,必須確認(rèn),通常要求35個(gè)循環(huán)以內(nèi),一般可以得到比較好的定量結(jié)果,30個(gè)循環(huán)以內(nèi),沒(méi)有非特異性擴(kuò)增產(chǎn)生。4.NTC是必須要確認(rèn)的,通常要求30個(gè)循環(huán)內(nèi)沒(méi)有引物二聚體產(chǎn)生。實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測(cè)一次熒光信號(hào)的強(qiáng)度。珠海特殊樣本熒光PCR設(shè)計(jì)公司

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:引物內(nèi)部不應(yīng)出現(xiàn)互補(bǔ)序列。寧波細(xì)胞數(shù)字PCR網(wǎng)站

Real-time PCR實(shí)驗(yàn)常用的RNA酶抑制劑:1.焦磷酸二乙酯(DEPC):是一種強(qiáng)烈但不徹底的RNA酶抑制劑。它通過(guò)和RNA酶的活性基團(tuán)組氨酸的咪唑環(huán)結(jié)合使蛋白質(zhì)變性,從而抑制酶的活性。2.異硫氰酸胍:目前被認(rèn)為是較有效的RNA酶抑制劑,它在裂解組織的同時(shí)也使RNA酶失活。它既可破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)使核酸從蛋白中解離出來(lái),又對(duì)RNA酶有強(qiáng)烈的變性作用。3.氧釩核糖核苷復(fù)合物:由氧化釩離子和核苷形成的復(fù)合物,它和RNA酶結(jié)合形成過(guò)渡態(tài)類物質(zhì),幾乎能完全抑制RNA酶的活性。4.RNA酶的蛋白抑制劑(RNasin):從大鼠肝或人胎盤中提取得來(lái)的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一種非競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑,可以和多種RNA酶結(jié)合,使其失活。5.其它:SDS、尿素、硅藻土等對(duì)RNA酶也有一定抑制作用。寧波細(xì)胞數(shù)字PCR網(wǎng)站

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