深圳分子生物學(xué)Real-time PCR研究方案

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)：Taq(水生棲熱菌)聚合酶耐熱DNA聚合酶的很好活性溫度約為75-80°C(167-176°F),盡管該酶通常使用72°C(162°F)的溫度。在該步驟中，DNA聚合酶通過從反應(yīng)混合物中添加在5’-至-3’方向上與模板互補(bǔ)的游離DNA鏈來合成與DNA模板鏈互補(bǔ)的新DNA鏈，在新生(伸長)DNA鏈的末端，將dNTPs的5'-磷酸基與3'-羥基縮合。延伸所需的精確時(shí)間取決于所使用的DNA聚合酶和要擴(kuò)增的DNA目標(biāo)區(qū)域的長度。根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，在很好溫度下，大多數(shù)DNA聚合酶每分鐘聚合一千個(gè)堿基。在很好條件下(即，如果沒有限制底物或試劑的限制)，在每個(gè)延伸/延伸步驟中，DNA靶序列的數(shù)量加倍。隨著每一個(gè)連續(xù)的循環(huán)，原始模板鏈加上所有新產(chǎn)生的鏈成為下一輪延伸的模板鏈，導(dǎo)致特定DNA目標(biāo)區(qū)域的指數(shù)(幾何)擴(kuò)增。嵌套式PCR在特異性擴(kuò)增長DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功，但它需要更詳細(xì)的目標(biāo)序列知識(shí)。深圳分子生物學(xué)Real-time PCR研究方案

聚合酶鏈反應(yīng)：多重連接依賴探針擴(kuò)增（MLPA):允許用單個(gè)引物對(duì)擴(kuò)增多個(gè)靶標(biāo)，從而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶鏈反應(yīng):由單個(gè)PCR混合物中的多個(gè)引物組組成，以產(chǎn)生對(duì)不同DNA序列特異的不同大小的擴(kuò)增子。通過同時(shí)靶向多個(gè)基因，可以從單次測(cè)試中獲得額外的信息，否則將需要幾次試劑和更多時(shí)間來執(zhí)行。每個(gè)引物組的退火溫度必須優(yōu)化，以在單個(gè)反應(yīng)中正確工作，并符合擴(kuò)增子尺寸。也就是說，當(dāng)通過凝膠電泳可視化時(shí)，它們的堿基對(duì)長度應(yīng)該足夠不同以形成不同的條帶。廣州骨頭定量PCR設(shè)計(jì)公司PCR產(chǎn)物的電泳檢測(cè)時(shí)間一般為48h以內(nèi)，有些很好于當(dāng)日電泳檢測(cè)，大于48h后帶型不規(guī)則甚至消失。

聚合酶鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法：反應(yīng)緩沖液未完全融化或未充分混勻。確保反應(yīng)緩沖液融化完全并徹底混勻。引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計(jì)引物。引物量過多。減少反應(yīng)體系中引物的用量。模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng，而基因組DNA則應(yīng)<200ng。外源DNA污染。確保操作的潔凈。陰性對(duì)照出現(xiàn)條帶：試劑，頭，工作臺(tái)污染。使用全新的試劑和頭，對(duì)工作臺(tái)進(jìn)行清潔。條帶大小與理論不符：污染。使用全新的試劑和頭，對(duì)工作臺(tái)進(jìn)行清潔。模板或引物使用錯(cuò)誤。更換引物和模板。基因亞型。對(duì)研究的基因進(jìn)行序列分析和BLAST研究。

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)：定量PCR允許實(shí)時(shí)定量和檢測(cè)特定的DNA序列，因?yàn)樗诤铣蛇^程中測(cè)量濃度。有兩種方法可以同時(shí)檢測(cè)和定量。種方法是使用在DNA雙鏈之間非特異性保留的熒光染料。第二種方法涉及編碼特定序列并被熒光標(biāo)記的探針。只有在探針與其互補(bǔ)DNA雜交后，才能使用這些方法檢測(cè)DNA。一種有趣的技術(shù)組合是實(shí)時(shí)PCR和逆轉(zhuǎn)錄。這種復(fù)雜的技術(shù)被稱為RT-qPCR，允許定量少量RNA。通過這種組合技術(shù)，mRNA被轉(zhuǎn)化為cDNA，并用qPCR進(jìn)一步定量。這種技術(shù)降低了聚合酶鏈反應(yīng)終點(diǎn)出錯(cuò)的可能性，增加了檢測(cè)與遺傳疾病如病癥相關(guān)的基因的機(jī)會(huì)。實(shí)驗(yàn)室使用RT-qPCR來靈敏地測(cè)量基因調(diào)控。逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng))：用于從RNA中擴(kuò)增DNA。

PCR的反應(yīng)條件：dNTP濃度過高會(huì)加快反應(yīng)速度，但同時(shí)還可以增加堿基的錯(cuò)誤摻入率。引物濃度過高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增。TaqDNA聚合酶濃度過高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增，低則合成產(chǎn)物量減少。TaqDNA聚合酶無校正功能，摻入錯(cuò)誤率達(dá)2*E-4個(gè)核苷酸，一個(gè)30個(gè)循環(huán)的擴(kuò)增反應(yīng)0.1%-0.25%總錯(cuò)誤率。在90～95度下可使整個(gè)基因組的DNA變性為單鏈。一般94～95度30～60s。時(shí)間過長使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破壞增多。DNA很快冷卻到40～60度使引物和模板結(jié)合。引物長度在15～25時(shí)退火溫度。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的引物與模板的結(jié)合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對(duì)原則的。深圳分子生物學(xué)Real-time PCR研究方案

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的引物與非特異擴(kuò)增區(qū)的序列的同源性不要超過70%。深圳分子生物學(xué)Real-time PCR研究方案

聚合酶鏈反應(yīng)有許多優(yōu)點(diǎn)。它很容易理解和使用，并迅速產(chǎn)生結(jié)果。這項(xiàng)技術(shù)非常敏感，有可能產(chǎn)生數(shù)百萬到數(shù)十億份特定產(chǎn)品的拷貝，用于測(cè)序、克隆和分析。qRT-PCR具有與PCR相同的優(yōu)點(diǎn)，同時(shí)還具有定量合成產(chǎn)物的優(yōu)點(diǎn)。因此，它可以用于分析病癥、微生物或其他疾病狀態(tài)中基因表達(dá)水平的變化。聚合酶鏈反應(yīng)是一種非常強(qiáng)大和實(shí)用的研究工具。許多疾病的未知病因的測(cè)序正在通過聚合酶鏈反應(yīng)得到解決。這項(xiàng)技術(shù)可以幫助我們識(shí)別與已知病毒相關(guān)的未知病毒序列，從而讓我們更好地了解疾病本身。如果該過程可以進(jìn)一步簡(jiǎn)化，并且可以開發(fā)靈敏的非輻射檢測(cè)系統(tǒng)，PCR將在未來幾年在臨床實(shí)驗(yàn)室中占據(jù)明顯地位。深圳分子生物學(xué)Real-time PCR研究方案