全基因組病毒分析方法

需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序的應(yīng)用場景：在探普生物長時間運行過程中，我們接觸到的對病毒的全基因組進(jìn)行測序項目有比較豐富的應(yīng)用場景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個關(guān)鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省時省力省經(jīng)費，同時能達(dá)到研究目的。此外，有的單位需要對傳染病的病原進(jìn)行流行病學(xué)監(jiān)測和研究，如疾控/疫控中心、醫(yī)院的傳染病科室以及一些高校和研究所的相應(yīng)課題組，可能需要對病毒的全基因組進(jìn)行測序以后，結(jié)合其他上下游的研究數(shù)據(jù)，達(dá)到研究或者監(jiān)測疫病的目的。病毒是由一種核酸分子與蛋白質(zhì)構(gòu)成或只由蛋白質(zhì)構(gòu)成。全基因組病毒分析方法

對病毒的全基因組進(jìn)行測序時，生物信息學(xué)分析工作的進(jìn)行：生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進(jìn)行測序的下機數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。探普生物基于該特點，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫，專門搭載了生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。生物信息學(xué)流程主要包括對非目標(biāo)數(shù)據(jù)進(jìn)行去除以及對目標(biāo)序列進(jìn)行篩選，高質(zhì)量高完整度的序列拼接以及后續(xù)的高級分析，如SNP分析，進(jìn)化分析，耐藥位點分析等。在探普的專門用的流程下，可以獲得完整性很高的基因組序列。國內(nèi)全基因組病毒分析服務(wù)公司目前對病毒溯源分型主要檢測手段就是高通量測序技術(shù)。

高通量基因組測序中，測序深度和覆蓋度指的是：測序深度是指測序得到的總堿基數(shù)與待測基因組大小的比值。假設(shè)一個基因大小為2M，測序深度為10X，那么獲得的總數(shù)據(jù)量為20M。覆蓋度是指測序獲得的序列占整個基因組的比例。由于基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測序終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋有所的區(qū)域，這部分沒有獲得的區(qū)域就稱為。例如一個細(xì)菌基因組測序，覆蓋度是98%，那么還有2%的序列區(qū)域是沒有通過測序獲得的。

RNA病毒基因組測序工作：動物、人、植物被特定病毒株侵染、分離到病毒株、連續(xù)傳代的病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導(dǎo)下一步的研究，傳統(tǒng)的sanger測序需要了解序列、設(shè)計引物、做很多PCR，往往效率很低，而NGS作為一種無需特異性引物擴增的測序方式，可以直接從RNA中獲得序列。如果，1，您的目的是：獲得一種指定RNA病毒盡量完整的序列；2，您可以提供該病毒的中英文名稱；3，您了解樣本中病毒的載量情況、培養(yǎng)狀況、ct值等任一信息。那么，RNA病毒基因組測序可以幫助你，探普為你準(zhǔn)備了完整的下單、樣本準(zhǔn)備方法。全基因組測序的覆蓋面廣。

病毒全基因組測序注意事項：病毒全基因組測序，測序覆蓋度，基因組被測序得到的堿基覆蓋的比例；測序覆蓋度是反映測序隨機性的指標(biāo)之一；測序序深度與覆蓋度之間的關(guān)系可以過Lander-WatermanModel（1988）來確定。當(dāng)深度達(dá)到5X時，則可覆蓋基因組的約99.4%以上。通過生物信息手段，分析不同個體基因組間的結(jié)構(gòu)差異，同時完成SNP及基因組結(jié)構(gòu)注釋。DNA突變可誘發(fā)病癥。吸煙過程中所釋放的>60種致病化學(xué)物質(zhì)可與DNA結(jié)合并對DNA鏈上的鳥嘌呤和腺嘌呤進(jìn)行化學(xué)修飾從而產(chǎn)生大的加合物，該加合物改變了DNA雙螺旋的結(jié)構(gòu)，如果不被核苷酸剪切修復(fù)或其他的途徑進(jìn)行糾正，那么DNA在復(fù)制時就會按照non-Watson-Crick方式進(jìn)行復(fù)制并阻止RNA聚合酶進(jìn)行轉(zhuǎn)錄。想要通過高通量測序獲得病毒全序列，需要經(jīng)歷：核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這三大基本流程。RNA二代測序進(jìn)化分析

病毒全基因組測序具有的特點：專業(yè)化服務(wù)。全基因組病毒分析方法

全基因組測序要注意的事項：全基因組測序是對未知基因組序列的物種進(jìn)行個體的基因組測序。技術(shù)路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA的片段（0.2~5Kb），加上接頭,進(jìn)行DNA簇（Cluster）制備，后利用Paired-End（Solexa）或者M(jìn)ate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進(jìn)行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通過Paired-End的距離可進(jìn)一步組裝成Scaffold，進(jìn)而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質(zhì)量等有關(guān)。常用的組裝有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測序深度（Sequencingdepth）是指測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評價測序量的指標(biāo)之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關(guān)的關(guān)系，測序帶來的錯誤率或假陽性結(jié)果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體，如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案，當(dāng)測序深度在50X~100X以上時，基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證，后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準(zhǔn)確。全基因組病毒分析方法

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