DNA病毒基因測序檢測

來源: 發(fā)布時間:2022-04-11

深度測序技術(shù)對科學(xué)研究范式的影響:個性化醫(yī)學(xué)、P4醫(yī)學(xué)和準(zhǔn)確醫(yī)學(xué)等研究范式都是在近幾年深度測序技術(shù)迅猛發(fā)展的基礎(chǔ)上提出的。個人基因組測定的可行性,使得大眾有可能測定和分析自己的基因組、尋找到個人健康相關(guān)的基因風(fēng)險因素,從而可以在生活習(xí)慣、飲食等方面提早進(jìn)行個性化預(yù)測和預(yù)防。由于互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展和即時檢驗(yàn)技術(shù)(point-of-care-testing,POCT)的應(yīng)用,人們可以通過網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行交流和參與到整個診療過程,這便是P4醫(yī)學(xué)的概念:預(yù)測性(predictive)、預(yù)防性(preventive)、個性化(personalized)及參與性(participatory)。探普生物進(jìn)行了大量有針對性的研發(fā)和測試,開發(fā)了全套的實(shí)驗(yàn)和分析流程用于對病毒的全基因組進(jìn)行測序。DNA病毒基因測序檢測

DNA病毒基因測序檢測,病毒全基因組測序

上海探普生物科技有限公司的對病毒的全基因組進(jìn)行測序有什么優(yōu)勢?全國開設(shè)病毒相關(guān)測序的公司不超過5家,只有探普生物是專門為病毒研究者服務(wù)的,探普生物的研發(fā)團(tuán)隊(duì)和實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)都來自全國各地病毒學(xué)、微生物學(xué)專業(yè)的高校,碩士及以上學(xué)歷成員超過60%,團(tuán)隊(duì)具備普通測序?qū)嶒?yàn)和分析基礎(chǔ)之外,同時具備病毒學(xué)及微生物學(xué)的學(xué)術(shù)背景,相當(dāng)了解病毒相關(guān)樣本情況、研究方向等。研究者在項(xiàng)目咨詢的時候就可以明顯感覺到探普生物的專業(yè)性,溝通順暢,省時省力。重慶二代測序突變分析上哪找二代測序相較sanger測序,差異主要就是單次運(yùn)行可以獲得海量的數(shù)據(jù)量。

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病毒全基因組測序,基因測序技術(shù)能鎖定個人病變基因,提前預(yù)防和調(diào)整。自上世紀(jì)90年代初,學(xué)界開始涉足“人類基因組計劃”。而傳統(tǒng)的測序方式是利用光學(xué)測序技術(shù)。用不同顏色的熒光標(biāo)記四種不同的堿基,然后用激光光源去捕捉熒光信號從而獲得待測基因的序列信息。雖然這種方法檢測可靠,但是價格不菲也是有目共睹的,一臺儀器的價格大約在50萬到75萬美元,而檢測一次的費(fèi)用也高達(dá)5千到1萬美元。新的基因測序儀中,芯片代替了傳統(tǒng)激光鏡頭、熒光染色劑等,芯片就是測序儀。

全基因組測序要注意的事項(xiàng):全基因組測序是對未知基因組序列的物種進(jìn)行個體的基因組測序。技術(shù)路線:提取基因組DNA,然后隨機(jī)打斷,電泳回收所需長度的DNA的片段(0.2~5Kb),加上接頭,進(jìn)行DNA簇(Cluster)制備,后利用Paired-End(Solexa)或者M(jìn)ate-Pair(SOLiD)的方法對插入片段進(jìn)行測序。然后對測得的序列組裝成Contig,通過Paired-End的距離可進(jìn)一步組裝成Scaffold,進(jìn)而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與覆蓋度、測序質(zhì)量等有關(guān)。常用的組裝有:SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。測序深度(Sequencingdepth)是指測序得到的堿基總量(bp)與基因組大小的比值,它是評價測序量的指標(biāo)之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關(guān)的關(guān)系,測序帶來的錯誤率或假陽性結(jié)果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體,如果采用的是雙末端或Mate-Pair方案,當(dāng)測序深度在50X~100X以上時,基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證,后續(xù)序列組裝成染色體才能變得更容易與準(zhǔn)確。全基因組測序覆蓋面廣。

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深度測序技術(shù)對社會的影響:深度測序技術(shù)促進(jìn)了基因檢測的普及,對社會的影響第1個方面反映在商業(yè)模式的變化,即醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)和健康管理方面的平民化、個性化趨勢的形成。社會生活受到深度測序技術(shù)影響的第二個方面是基因測序的普遍應(yīng)用。例如,基因關(guān)聯(lián)將人與人通過遺傳學(xué)關(guān)聯(lián)起來,人們可以對基因進(jìn)行分析判定親緣關(guān)系,基因測定甚至可以幫助判定婚姻(包括遺傳病等方面的)匹配度。公安機(jī)關(guān)可以通過基因比對,鎖定犯罪嫌疑人、尋找丟散的兒童和親人。甚至有報道表明,測定20多個基因就可以將人臉重構(gòu)?;驒z測的應(yīng)用將隨著基因-表型的關(guān)聯(lián)得到更普遍的應(yīng)用,對社會生活的方方面面起到重要作用。高通量測序能否定向檢測細(xì)菌病毒等微生物?DNA病毒基因測序檢測

病毒全基因組測序產(chǎn)品特點(diǎn):對采集臨床樣本直接檢測。DNA病毒基因測序檢測

深度測序和個性化醫(yī)學(xué)的范式相比,P4醫(yī)學(xué)更強(qiáng)調(diào)早期預(yù)測和預(yù)防,強(qiáng)調(diào)對患者了解的系統(tǒng)性和參與性。準(zhǔn)確醫(yī)學(xué)的概念則是在基因測序普及的基礎(chǔ)上,將整個個體的各種信息如生理信息(通過可穿戴設(shè)備可以即時監(jiān)控和收集到)和腸道菌群變化、各種組學(xué)信息(深度測序測定)整合,進(jìn)行準(zhǔn)確的疾病分型、調(diào)整和預(yù)防。隨著老年化時代的到來及臨床資源的限制,基于這三種范式的健康管理和準(zhǔn)確診療將成為生物醫(yī)學(xué)研究與應(yīng)用的基本范式,走向大眾生活,正如當(dāng)年的計算機(jī)發(fā)展歷程一樣,會從原來的大型機(jī)器演變成可移動的小型工具。醫(yī)學(xué)與健康的將來也會隨著深度測序的普及和生物信息學(xué)數(shù)據(jù)處理能力的大幅度提高,而進(jìn)入個性化的大眾管理時代。DNA病毒基因測序檢測

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