生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統(tǒng)應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統(tǒng)要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質(zhì)，這些物質(zhì)排入到養(yǎng)殖水中后會在細菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質(zhì)。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。循環(huán)水處理系統(tǒng)首先包括機械過濾部分。這些設備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經(jīng)常用到的設備是蛋白質(zhì)分離器、微濾機、精密過濾器等設備。其次，循環(huán)水處理系統(tǒng)還有生化過濾設備。這些設備是為了培養(yǎng)相應的微生物來對水中溶解性物質(zhì)進行分解分離的。
氣壓的降低，造成水體對氧的溶解度降低，導致水體缺氧。在氣壓低的情況下，?？梢娝w底部污染物泛起，這就是所謂“泛塘現(xiàn)象?！胺禾痢钡慕Y果造成水底因缺氧而抑制的好氧菌重新得到獲取氧氣的機會，由此急劇消耗水體溶氧。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖模式仍然是未來具有發(fā)展?jié)摿Φ年懟h(huán)水養(yǎng)殖模式, 是中國開創(chuàng)現(xiàn)代水產(chǎn)業(yè)的重要組成部分。隨著核心裝備的國產(chǎn)化、水處理工藝的成熟化、養(yǎng)殖管理的科學化, 集“裝備工程化、技術現(xiàn)代化、生產(chǎn)工廠化、管理工業(yè)化”為一體的現(xiàn)代工業(yè)化養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)新模式將會被建立, 水產(chǎn)業(yè)的轉(zhuǎn)型升級, 海淡水養(yǎng)魚大產(chǎn)業(yè)的架構, 才能夠?qū)崿F(xiàn), 而中國水產(chǎn)業(yè)將進入工業(yè)化養(yǎng)殖新時代, 屆時, 中國不僅是世界水產(chǎn)大國, 也同樣會是世界水產(chǎn)強國。