循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點(diǎn)是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實(shí)現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學(xué)沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
我國苗種繁育過程的全人工控制技術(shù)尚處于起步階段，低營養(yǎng)條件下的生物膜培養(yǎng)技術(shù)、水質(zhì)的智能化控制技術(shù)、不同特性魚卵孵化設(shè)施技術(shù)、繁育過程智能化判別技術(shù)等需要突破，繁育生態(tài)環(huán)境人工控制技術(shù)需要優(yōu)化和集成。有必要針對(duì)我國大宗養(yǎng)殖產(chǎn)品和一些名特優(yōu)品種的苗種繁育要求，應(yīng)用現(xiàn)代水環(huán)境控制技術(shù)和孵化繁育生境模擬技術(shù)，構(gòu)建特定的設(shè)備系統(tǒng)，形成完善的養(yǎng)殖生產(chǎn)工藝，達(dá)到水環(huán)境有效控制、孵化過程有效調(diào)控、節(jié)能節(jié)水以及反季節(jié)工業(yè)化生產(chǎn)的目的。
工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)是以工業(yè)化手段主動(dòng)控制水環(huán)境，水資源消耗小、占地少、對(duì)環(huán)境污染小、產(chǎn)品優(yōu)質(zhì)安全、病害少、密度高、養(yǎng)殖生產(chǎn)不受地域或氣候的限制和影響，資源利用率高，是高投入高產(chǎn)出，低風(fēng)險(xiǎn)實(shí)現(xiàn)水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要途徑。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖采取集約化生產(chǎn)方式，減少了人力成本，降低了餌料系數(shù)。10%的養(yǎng)殖面積產(chǎn)出百分百的產(chǎn)量，這僅僅是其優(yōu)勢(shì)之一，更加環(huán)保的養(yǎng)殖方式，也提高了養(yǎng)殖品種的品質(zhì)，可以獲得更好的產(chǎn)品售價(jià)和經(jīng)濟(jì)效益。消費(fèi)者對(duì)高品質(zhì)的水產(chǎn)品需求日益增長(zhǎng)，傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式產(chǎn)出的水產(chǎn)品沒有太多的附加值空間，利潤小，風(fēng)險(xiǎn)高，已經(jīng)很難適應(yīng)高端消費(fèi)者的需求。