循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質(zhì)，這些物質(zhì)排入到養(yǎng)殖水中后會在細(xì)菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動(dòng)物有毒的物質(zhì)。因此，一時(shí)間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。循環(huán)水處理系統(tǒng)首先包括機(jī)械過濾部分。這些設(shè)備會將水中的固體懸浮物在一時(shí)間過濾出來。經(jīng)常用到的設(shè)備是蛋白質(zhì)分離器、微濾機(jī)、精密過濾器等設(shè)備。其次，循環(huán)水處理系統(tǒng)還有生化過濾設(shè)備。這些設(shè)備是為了培養(yǎng)相應(yīng)的微生物來對水中溶解性物質(zhì)進(jìn)行分解分離的。
養(yǎng)殖過程中產(chǎn)生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結(jié)合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當(dāng)同一個(gè)養(yǎng)魚池中魚的大小、強(qiáng)弱不一時(shí)，會嚴(yán)重影響魚的生長速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時(shí)進(jìn)行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進(jìn)行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過多次數(shù)的分養(yǎng)會使魚體受傷，增加魚的應(yīng)激反應(yīng)。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)（recirculating aquaculture system，RAS）作為一種新型養(yǎng)殖模式，通過一系列水處理單元將養(yǎng)殖池中產(chǎn)生的廢水處理后再次循環(huán)回用。其主要原理是將環(huán)境工程、土木建筑、現(xiàn)代生物、電子信息等學(xué)科領(lǐng)域的先進(jìn)技術(shù)集于一體，以去除養(yǎng)殖水體中殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝（xiao）酸鹽氮（NO2--N）等有害污染物,凈化養(yǎng)殖環(huán)境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調(diào)溫等處理將凈化后的水體重新輸入養(yǎng)殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養(yǎng)殖生物提供穩(wěn)定可靠、舒適優(yōu)質(zhì)的生活環(huán)境，為高密度養(yǎng)殖提供了有利條件。