高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學有效運行是多學科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水質(zhì)清新。光照強度500～2000勒克斯，光照均勻。根據(jù)要求調(diào)節(jié)水溫和換水量。養(yǎng)殖過程需按時測定水溫、pH值、溶解氧、鹽度、COD、氨氮、亞硝/酸鹽、硝/酸鹽、磷酸鹽等相關指標，將各項指標控制在合適的范圍內(nèi)。當水溫高于20℃時，需要加大地下低溫海水的添加量和循環(huán)水量，并采取加大純氧供給量的措施，使氧氣飽和度達到100～150%（有液氧設施）。由于夜晚時間比較長，也是魚類生長速度比較快的時段，因此每天傍晚要堅持清潔養(yǎng)殖池一次，并進行一次池底排污操作，給魚苗創(chuàng)造一個良好生長的環(huán)境。
每平方米放苗250～400尾，暫養(yǎng)后的大蝦苗放養(yǎng)密度可減少20%～30％；實行三級養(yǎng)殖時**級每平方米可放養(yǎng)蝦苗1000～1200尾，二級每平方米放養(yǎng)500～800尾，三級每平方米放養(yǎng)250～300尾。在低鹽度或淡水中養(yǎng)殖凡納濱對蝦時，必須對蝦苗進行淡水馴化。在育苗室淡化速度每日鹽度降低不超過5，降至5時便可直接向微鹽池塘中放苗。在淡水池養(yǎng)殖，應選擇在鹽度1以下水中穩(wěn)定培育3天以上的蝦苗，亦可先向池塘內(nèi)加入20～30厘米的淡水，再用出鹽前的鹵水或海水素（精）調(diào)節(jié)至適宜的鹽度放養(yǎng)蝦苗，經(jīng)數(shù)日暫養(yǎng)后，再逐日加入淡水。